--

9 (1) 2014

Khảo sát in silico, xây dựng cơ sở khoa học cho việc phát hiện kết hợp yếu tố nhiễm và bất ổn di truyền trong ung thư vòm họng


Tác giả - Nơi làm việc:
Nguyễn Văn Trường - Trường Đại học Mở TP.HCM , Việt Nam
Nguyễn Thị Thúy Tài - Trường Đại học Mở TP.HCM , Việt Nam
Nguyễn Thị Thanh Nhàn - Trường Đại học Mở TP.HCM , Việt Nam
Nguyễn Thị Thu Ngân - Trường Đại học Mở TP.HCM , Việt Nam
Lý Thị Tuyết Ngọc - Trường Đại học Mở TP.HCM , Việt Nam
Lao Đức Thuận - Trường Đại học Mở TP.HCM , Việt Nam
Lê Huyền Ái Thúy - Trường Đại học Mở TP.HCM , Việt Nam
Tác giả liên hệ, Email: Lê Huyền Ái Thúy - lhathuy@gmail.com

Tóm tắt
Ung thư vòm họng là một dạng ung thư phổ biến ở Việt Nam với tỷ lệ tử vong khá cao lên đến 3,3% dân số vào năm 2012. Do vậy, việc chẩn đoán và phát hiện sớm ung thư vòm họng là một vấn đề cấp thiết nhằm nâng cao khả năng sống sót của bệnh nhân. Các nghiên cứu gần đây khẳng định rằng sự xâm nhiễm của Epstein-Barr virus (EBV) và sự methyl hóa bất thường trên gen DAPK là những nguyên nhân dẫn đến sự tăng sinh và phát triển khối u ở vòm họng. Với mục đích hướng tới việc phát triển một kỹ thuật chẩn đoán dựa trên việc kiểm tra sự hiện diện của gen EBNA-1 – một gen cần thiết cho sự xâm nhiễm và nhân lên của EBV – và sự methyl hóa bất thường trên gen DAPK như các dấu chứng sinh học trong tiên lượng và chẩn đoán sớm ung thư vòm họng, chúng tôi tiến hành nghiên cứu bước đầu gồm (1) Khai thác dữ liệu, thống kê tần số methyl hóa trung bình có trọng số gen DAPK dựa trên các nghiên cứu trên thế giới; (2) Xác định phương thức thực nghiệm nhằm tiên lượng và chẩn đoán sớm bệnh ung thư vòm họng và khảo sát các bước in silico cần thiết.

Từ khóa
ung thư vòm họng; EBV;EBNA-1; DAPK; methyl hóa.

Toàn văn:
PDF

Tài liệu tham khảo

Chang HW., Chan ., Kwong L., Wei WI., Sham JS., Yuen P. (2003). “Evaluation of hypermethylated tumor suppressor genes as tumor markers in mouth and throat rinsing fluid, nasopharyngeal swa and peripheral lood of nasopharyngeal carcinoma patient”. Int J Cancer 105, p.851– 855.


Chim CS., Liang R., Fung TK., Choi CL., Kwong YL. (2007). “Epigenetic dysregulation of the death-associated protein kinase/p14/HDM2/p53/Apaf-1 apoptosis pathway in multiple myeloma”. J Clin Pathol, 60 p.664-669.


Eugene AC., Julie MW., David ET., Stacey LI. (200 ). “ asopharyngeal Carcinoma: The Role of the Epstein-Barr Virus”. Medscape J Med., 10(7), p.165.


Kong WJ., Zhang S., Guo CK., Wang YJ., Chen X., Zhang SL., Zhang D., Liu Z., Kong W. (2006). “Effect of methylation-associated silencing of the death-associated protein kinase gene on nasopharyngeal carcinoma”. Anticancer Drugs 17(3), p.251-259.


Kwong J., Lo KW., To KF., Teo PM., Johnson PJ., Huang P. (2002).”‘Promoter


Hypermethylation of Multiple Genes in asopharyngeal Carcinoma’. Clin Cancer Res, 8, p.131-137.


Leah CP., Marcie JG., Leah AD., Daniel EJ., Kieu D., Carmen ST., Steven AB. (2009). “ Dual promoter regulation of death-associated protein kinase gene leads to differentially silenced transcripts by methylation in cancer”. Carcinogenesis, 30(12), p. 2023–2030.


Leight ER., Sugden B. (2000). “EB -1: a protein pivotal to latent infection by EpsteinBarr virus’. Rev Med Virol, 10, p.83-100.


Liu JB., Qiang FL., ong J., Cai J., Zhou SH., Shi MX. (2011) ‘Plasma methylation of Wnt antagonists predicts recurrence of esophageal squamous cell carcinoma’. World J Gastroenterol., 17(44), p.4917-4921.


Manel E. (2005). “ DNA methylation, epigenetics and metastasis”. Springer, ISBN-10 1-4020-3641-8.


Matthew PT., Razelle K. (2004). “Epstein-Barr Virus and Cancer”. Clin Cancer Res, 10, p.803-821.


Misener S., Krawetz S . (1999). “Methods in Molecular Biology’. © Humana Press, 132, p.365-386.


Niklinska W., Naumnik W., Sulewska A., Kozlowski M., Pankiewicz., Milewski R. (2009). “Prognostic significance of PK and R SSF1 promoter hypermethylation in Non-Small Cell Lung Cancer ( SCLC)”. Folia histochem cytobiol., 47, p.275-280.


Saeid G., Ali MA. (2012). “Non-Invasive Detection of Esophageal Cancer using Genetic Changes in Circulating Cell-Free DNA ”. Avicenna J Med Biotechnol., 4(1), p.3-13.


Sivachandran N., Wang X., Frappier L. (2012). “Functions of the Epstein-Barr virus EB 1 protein in viral reactivation and lytic infection”. J Virol., 86(11), p.6146-6158.


Susanna HH., Sagung RI., Luh PLI., Ahma H., Sylvia D., Sofia MH., Renske DMS., strid EG., Jaap MM. (2011). “Epigenetic markers for early detection of nasopharyngeal carcinoma in a high risk population”. Molecular Cancer, 10, p.48.


Wong TS, Chang HW, Tang KC, Wei WI, Kwong DL, Sham JS, Yuen AP, Kwong YL. (2002). “High frequency of promoter hypermethylation of the death-associated proteinkinase gene in nasopharyngeal carcinoma and its detection in the peripheral blood of patients”. Clin Cancer Res., 8(2), p.433-437.


World Health Oragnization (2012). “Estimated cancer incidence, Mortality and prevalence worldwide in 2012”. International agency for research on cancer.


Wu LM., Zhang F., Zhou L., Yang Z., Xie HY., Zheng SS. (2010). “Predictive value of CpG island methylator phenotype for tumor recurrence in hepatitis B virus-associated hepatocellular carcinoma following liver transplantation”. BMC Cancer, 10, p.1471-2407.


Young LS., Dawson CW., Clark D., Rupani H., Busson P., Tursz T., Johnson A.,


Rickinson AB. (19 ). “Epstein-Barr virus gene expression in nasopharyngeal carcinoma”. J Gen Virol., 69(5), p.1051-1065.


Zhang Z., Sun D., Hutajulu SH., Nawaz I., Nguyen Van D., Huang G., Haryana SM., Middeldorp JM., Ernberg I., Hu LF. (2012). “ evelopment of a on-Invasive Method, Multiplex Methylation Specific PCR (MMSP), for Early Diagnosis of Nasopharyngeal Carcinoma”. PLoS ONE, 7(11), p.1-6.



Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.