--

19(1)2024

Ứng dụng phương pháp phả hệ phân tử để định danh mẫu nấm Cordyceps ninchukispora thu thập ở LangBiang, Đà Lạt, Lâm Đồng


Tác giả - Nơi làm việc:
Phạm Thị Thúy Ngọc - Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Thiều Hồng Huệ - Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Nguyễn Văn Giang - Trường Đại Học Đà Lạt, Đà Lạt , Việt Nam
Nguyễn Thị Ngọc Thảo - Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Trương Bình Nguyên - Trường Đại học Đà Lạt, Đà Lạt , Việt Nam
Lê Huyền Ái Thúy - Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Lao Đức Thuận - Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Tác giả liên hệ, Email: Lao Đức Thuận - thuan.ld@ou.edu.vn
Ngày nộp: 25-10-2023
Ngày duyệt đăng: 10-11-2023
Ngày xuất bản: 27-03-2024

Tóm tắt
Nhóm nghiên cứu của Trường Đại học Đà Lạt thuộc tỉnh Lâm Đồng, Việt Nam đã thu thập được mẫu nấm ký sinh từ dãy núi Lang Biang trong chuyến giám sát của nhóm, xác định hình thái ban đầu của loài này là Cordyceps ninchukispora có vật chủ là Beilschmiedia erythrophloia Hay. DNA đã được chiết tách bằng phương pháp Phenol/Chloroform (pH = 8), sau đó tiến hành thành PCR và giải trình tự của các vùng gen mục tiêu bao gồm ITS, nrSSU, nrLSU, Tef, Rpb1. Tạo cây phát sinh phân tử bằng việc sử dụng các phương pháp Neighbor joining, Maximum likelihood và Maximum parsimony nhằm xác định mối quan hệ giữa Cordyceps ninchukispora và các trình tự tham chiếu. Chúng tôi đã khuếch đại được các vùng gen mục tiêu, đồng thời tiến hành giải trình tự và đã xây dựng một bộ dữ liệu bao gồm 51, 51, 47, 35 và 51 trình tự của ITS, nrSSU, nrLSU, Tef, Rpb1. Các trình tự này đại diện cho nhiều chi thuộc các họ Ophiocordycipitaceae, Clavicipitaceae, Cordycipitaceae và 02 trình tự thuộc họ Glomerellaceae. Kết quả phân tích phát sinh phân tử đã xác định rằng mẫu nấm thu thập thuộc về chi Cordyceps và tạo thành đơn nhóm huyết thống (monophyletic group) với loài tham chiếu Cordyceps ninchukispora, với giá trị bootstrap được hỗ trợ cao. Tóm lại, đánh giá phát sinh loài dựa trên bộ dữ liệu đa gen đã hỗ trợ mạnh mẽ cho việc xác định mẫu thu thập được là Cordyceps ninchukispora.

Từ khóa
Cordyceps; LangBiang; nấm; Ophiocordyceps; phả hệ phân tử

Toàn văn:
PDF

Trích dẫn:

Pham, N. T. T., Thieu, H. H., Nguyen, G. V., Nguyen, T. T. N., Truong, N. B., Le, T. H. A., & Lao, T. D. (2024). Ứng dụng phương pháp phả hệ phân tử để định danh mẫu nấm Cordyceps ninchukispora thu thập ở LangBiang, Đà Lạt, Lâm Đồng [Molecular phylogenetic analysis to support the identification of Cordyceps ninchukispora collected from LangBiang, Dalat, Lam Dong]. Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh – Kỹ thuật và Công nghệ, 19(1), 14-20. doi:10.46223/HCMCOUJS.tech.vi.19.1.3039.2024


Tài liệu tham khảo

Castlebury, L. A., Rossman, A. Y., Sung, G.-H., Hyten, A. S., & Spatafora, J. W. (2004). Multigene phylogeny reveals new lineage for Stachybotrys chartarum, the indoor air fungus. Mycological Research, 108(8), 864-872. doi:10.1017/S0953756204000607


Chang, H.-S., Cheng, M.-J., Wu, M.-D., Chan, H.-Y., Hsieh, S.-Y., Lin, C.-H., … Chen, I.-S. (2017). Secondary metabolites produced by an endophytic fungus Cordyceps ninchukispora from the seeds of Beilschmiedia erythrophloia Hayata. Phytochemistry Letters, 22(1), 179-184. doi:10.1016/j.phytol.2017.08.005


Chomczynski, P. (1993). A reagent for the single-step simultaneous isolation of RNA, DNA and proteins from cell and tissue samples. BioTechniques, 15(3), 532-534, 536-537.


Nguyen, L. T. T., Vo, H. T., Nguyen, K. D., Nguyen, C. M., & Le, C. U. (2022). Effects of Cordyceps militaris extract and its mixture with silica nanoparticles on burn wound healing on a mouse model. Journal of Drug Delivery Science and Technology, 67(1), 102901-101904. doi:10.1016/j.jddst.2021.102901


Olatunji, O. J., Tang, J., Tola, A., Auberon, F., Oluwaniyi, O., & Ouyang, Z. (2018). The genus Cordyceps: An extensive review of its traditional uses, phytochemistry and pharmacology. Fitoterapia, 129(1), 293-316. doi:10.1016/j.fitote.2018.05.010


Qu, S.-L., Li, S.-S., Li, D., & Zhao, P.-J. (2022). Metabolites and their bioactivities from the genus cordyceps. Microorganisms, 10(8), 1489-1509. doi:10.3390/microorganisms10081489


Shrestha, B., Tanaka, E., Han, G., Oh, J., Han, K., Lee, H., & Sung, H. (2014). A brief chronicle of the genus cordyceps Fr., the oldest valid genus in cordycipitaceae (Hypocreales, Ascomycota). Mycobiology, 42(2), 93-99. doi:10.5941/MYCO.2014.42.2.93


Shrestha, B., Tanaka, E., Hyun, M. W., Han, J.-G., Kim, C. S., Jo, J. W., … Sung, G.-H. (2016). Coleopteran and lepidopteran hosts of the entomopathogenic genus Cordyceps sensu lato. Journal of Mycology, 2016(2), 1-14. doi:10.1155/2016/7648219


Su, C. H., & Wang, H. H. (1986). Phytocordyceps, a new genus of the Clavicipitaceae. Mycotaxon, 26, 337-344.


Sung, G.-H., Hywel-Jones, N. L., Sung, J.-M., Jennifer Luangsa-ard, J., Shrestha, B., Spatafora, J. W., … dermapterigena Liang, O. Z. (2007). Phylogenetic classification of Cordyceps and the Clavicipitaceous fungi. Studies in Mycology, 57, 5-59. doi:10.3114/sim.2007.7.01


Vilgalys, R., & Sun, B. L. (1994). Ancient and recent patterns of geographic speciation in the oyster mushroom Pleurotus revealed by phylogenetic analysis of ribosomal DNA sequences. Proceedings of the National Academy of Sciences, 91(10), 4599-4603. doi:10.1073/pnas.91.10.4599


White, T., Bruns, T., Lee, S., & Taylor, J. (1990). Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR Protocols, 315-322. doi:10.1016/B978-0-12-372180-8.50042-1



Creative Commons License
© The Author(s) 2024. This is an open access publication under CC BY NC licence.