--

18 (2) 2023

Đánh giá khả năng nhận diện cấu trúc DNA G-Quadruplex song song của phân tử RHAU140-CFP bằng thiết bị đo huỳnh quang


Tác giả - Nơi làm việc:
Trương Thị Tinh Tươm - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Thành phố Hồ Chí Minh Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Nguyễn Viết Chánh - Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Phan Thị Phượng Trang - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Thành phố Hồ Chí Minh Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Đặng Thanh Dũng - Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Tác giả liên hệ, Email: Đặng Thanh Dũng - dung.dthanh@ou.edu.vn
Ngày nộp: 21-02-2023
Ngày duyệt đăng: 14-04-2023
Ngày xuất bản: 30-06-2023

Tóm tắt
Xác định sự hình thành cấu trúc G-quadruplex trong DNA là cần thiết để thiết kế các phân tử nhỏ (thuốc) nhắm mục tiêu G-quadruplex. Nghiên cứu trước đây, chúng tôi đã sử dụng protein huỳnh quang RHAU53-CFP có khả năng nhận diện cấu trúc G-quadruplex song song thông qua tín hiệu huỳnh quang. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đánh giá khả năng nhận diện đặc hiệu cấu trúc DNA G-quadruplex song song của RHAU140-CFP bằng thiết bị đo huỳnh quang. Kết quả cho thấy, phân tử protein huỳnh quang có khả năng nhận diện cấu trúc G-quadruplex song song. Ngoài ra, tín hiệu huỳnh quang cho thấy độ nhạy của protein RHAU140-CFP cao gấp 03 lần so với tín hiệu quỳnh quang của RHAU53-CFP trong việc xác định sự hình thành cấu trúc G-quadruplex song song. Độ nhạy phân tử protein huỳnh quang sẽ cung cấp một công cụ tiềm năng để phát hiện G-quadruplex song song cả in vitro và in vivo.

Từ khóa
DNA; G-quadruplex song song; sự đặc hiệu; RHAU53-CFP; RHAU140-CFP

Toàn văn:
PDF

Trích dẫn:

Truong, T. T. T., Nguyen, C. V., Phan, T. T. P., & Dang, D. T. (2023). Đánh giá khả năng nhận diện cấu trúc DNA G-Quadruplex song song của phân tử RHAU140-CFP bằng thiết bị đo huỳnh quang [Evaluating RHAU140-CFP molecule for specific recognition of parallel DNA G-Quadruplex by the fluorescence spectrophotometer]. Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh – Kỹ thuật và Công nghệ, 18(2), 5-12. doi:10.46223/HCMCOUJS.tech.vi.18.2.2661.2023


Tài liệu tham khảo

Biffi, G., Di Antonio, M., Tannahill, D., & Balasubramanian, S. (2014). Visualization and selective chemical targeting of RNA G-quadruplex structures in the cytoplasm of human cells. Nature Chemistry, 6(1), 75-80. doi:10.1038/nchem.1805


Burge, S., Parkinson, G. N., Hazel, P., Todd, A. K., & Neidle, S. (2006). Quadruplex DNA: Sequence, topology and structure. Nucleic Acids Research, 34(19), 5402-5415. doi:10.1093/nar/gkl655


Dang, D. T., & Phan, A. T. (2016). Development of fluorescent protein probes specific for parallel DNA and RNA G-Quadruplexes. Chembiochem, 17(1), 42-45. doi:10.1002/cbic.201500503


Gellert, M., Lipsett, M. N., & Davies, D. R. (1962). Helix formation by Guanylic acid. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 48(12), 2013-2018. doi:10.1073/pnas.48.12.2013


Kerwin, S. M., Mamiya, B., Brian, C., Fletcher, T., Kern, J. T., & Thomas, P. W. (2000). G-quadruplex DNA as a target for drug discovery: Design of telomerase inhibitors based on G-quadruplex DNA structure and dynamics. Abstracts of Papers of the American Chemical Society, 219, U6-U6.


Kim, N., & Yadav, P. (2015). The role of Top1 in maintaining genome stability at highly transcribed G4 sequences. Environmental and Molecular Mutagenesis, 56, S40-S40.


Kwok, C. K., Ding, Y., Shahid, S., Assmann, S. M., & Bevilacqua, P. C. (2015). A stable RNA G-quadruplex within the 5'-UTR of Arabidopsis thaliana ATR mRNA inhibits translation. Biochem Journal, 467(1), 91-102. doi:10.1042/BJ20141063


Lipps, H. J., & Rhodes, D. (2009). G-quadruplex structures: In vivo evidence and function. Trends in Cell Biology, 19(8), 414-422. doi:10.1016/j.tcb.2009.05.002


Maizels, N. (2015). G4-associated human diseases. EMBO Reports, 16(8), 910-922. doi:10.15252/embr.201540607


Maizels, N., & Gray, L. T. (2013). The G4 Genome. Plos Genetics, 9(4), Article e1003468. doi:10.1371/journal.pgen.1003468


Morris, K. V., & Mattick, J. S. (2014). The rise of regulatory RNA. Nature Reviews Genetics, 15(6), 423-437. doi:10.1038/nrg3722


Nguyen, L. T. A., & Dang, D. T. (2023). RHAU peptides specific for parallel G-quadruplexes: Potential applications in chemical biology. Mol Biotechnol, 65(3), 291-299. doi:10.1007/s12033-022-00552-7


Nikan, M., Di Antonio, M., Abecassis, K., McLuckie, K., & Balasubramanian, S. (2013). An acetylene-bridged 6,8-purine dimer as a fluorescent switch-on probe for parallel G-quadruplexes. Angewandte Chemie International Edition in English, 52(5), 1428-1431. doi:10.1002/anie.201207075


Rhodes, D., & Lipps, H. J. (2015). G-quadruplexes and their regulatory roles in biology. Nucleic Acids Research, 43(18), 8627-8637.


Sen, D., & Gilbert, W. (1988). Formation of parallel 4-Stranded complexes by Guanine-Rich Motifs in DNA and its implications for Meiosis. Nature, 334(6180), 364-366. doi:10.1038/334364a0


Simone, R., Fratta, P., Neidle, S., Parkinson, G. N., & Isaacs, A. M. (2015). G-quadruplexes: Emerging roles in neurodegenerative diseases and the non-coding transcriptome. FEBS Letters, 589(14), 1653-1668. doi:10.1016/j.febslet.2015.05.003



Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.