--

18 (1) 2023

Thiết kế mồi gene cho phản ứng Nested-MSP khuếch đại gene RASSF1A (Ras association domain family member 1)


Tác giả - Nơi làm việc:
Thiều Hồng Huệ - Trường Đại Học Mở Thành Phố Hồ Chí Minh, Thành Phố Hồ Chí Minh, , Việt Nam
Nguyễn Ngọc Toàn - Trường Đại Học Mở Thành Phố Hồ Chí Minh, Thành Phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Trần Thị Quế Trân - Trường Đại Học Mở Thành Phố Hồ Chí Minh, Thành Phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Nguyễn Thị Thu Thảo - Trường Đại Học Mở Thành Phố Hồ Chí Minh, Thành Phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Nguyễn Thành Đạt - Trường Đại Học Mở Thành Phố Hồ Chí Minh, Thành Phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Ngô Đông Kha - Cơ sở 2, Bệnh viện Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh, Thành Phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Lao Đức Thuận - Trường Đại Học Mở Thành Phố Hồ Chí Minh, Thành Phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Lê Huyền Ái Thúy - Trường Đại Học Mở Thành Phố Hồ Chí Minh, Thành Phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Tác giả liên hệ, Email: Lê Huyền Ái Thúy - thuy.lha@ou.edu.vn
Ngày nộp: 05-08-2021
Ngày duyệt đăng: 14-06-2022
Ngày xuất bản: 03-01-2023

Tóm tắt
Tính chất methyl hóa các gene ức chế khối u là một trong những nguyên nhân gây nên ung thư vòm họng. RASSF1A là một gene ức chế khối u đóng vai trò quan trọng trong điều hòa chu kì tế bào, điều chỉnh sự ổn định của các vi ống và có khả năng kiểm soát sự xâm lấn và di căn. Trong nghiên cứu, các cặp mồi sử dụng cho phương pháp Nested-MSP sẽ được thiết kế dựa trên các công cụ tin sinh học: Methprimer, IDT và Annhyb. Kết quả chúng tôi đã thiết kế thành công các cặp mồi, bao gồm: mồi ngoài, mồi methyl và mồi unmethyl sử dụng cho phản ứng Nested-MSP khuếch đại sản phẩm PCR với kích thước lần lượt là 392bp, 200bp và 173bp. Như vậy, từ nghiên cứu này cung cấp cặp mồi cho phản ứng Nested-MSP hướng tới khảo sát tính chất methyl hóa của gene RASSF1A trên Ung Thư Vòm Họng (UTVH).

Từ khóa
methyl hóa; nested-MSP; RASSF1A; ung thư vòm họng

Toàn văn:
PDF

Trích dẫn:

Thieu, H. H., Nguyen, T. N., Tran, T. T. Q., Nguyen, T. T. T., Nguyen, D. T., Ngo, K. D., Lao, T. D., & Le, T. H. A. (2023). Thiết kế mồi gene cho phản ứng Nested-MSP khuếch đại gene RASSF1A (Ras association domain family member 1) [Designing primers for Nested-MSP amplying RASSF1A (Ras association domain family member 1)]. Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh – Kỹ thuật và Công nghệ, 18(1), 75-83. doi:10.46223/HCMCOUJS.tech.vi.18.1.2023.2023


Tài liệu tham khảo

Agathanggelou, A., Cooper, W. N., & Latif, F. (2005). Role of the ras-association domain family 1 tumor suppressor gene in human cancers. Cancer Research, 65(9), 3497-3508.


Challouf, S., Ziadi, S., Zaghdoudi, R., Ksiaa, F., Gacem, R. B., & Trimeche, M. (2012). Patterns of aberrant DNA hypermethylation in nasopharyngeal carcinoma in Tunisian patients. Clinica Chimica Acta, 413(7/8), 795-802.


Chang, H. W., Chan, A., Kwong, D. L. W., Wei, W. I., Suam, J. S. T., & Yuen, A. P. W. (2003). Evaluation of hypermethylated tumor suppressor genes as tumor markers in mouth and throat rinsing fluid, nasopharyngeal swab and peripheral blood of nasopharygeal carcinoma patient. International Journal of Cancer, 105(6), 851-855.


Dallol, A., Cooper, W. N., Al-Mulla, F., Agathanggelou, A., Maher, E. R., & Latif, F. (2007). Depletion of the Ras association domain family 1, isoform A-associated novel microtubule-associated protein, C19ORF5/MAP1S, causes mitotic abnormalities. Cancer Research, 67(2), 492-500.


Dallol, A., Agathanggelou, A., Tommasi, S., Pfeifer, G. P., Maher, E. R., & Latif, F. (2005). Involvement of the RASSF1A tumor suppressor gene in controlling cell migration. Cancer Research, 65(17), 7653-7659.


Donninger, H., Vos, M. D., & Clark, G. J. (2007). The RASSF1A tumor suppressor. Journal of Cell Science, 120(18), 3163-3172.


Ensembl. (n.d.). Truy cập ngày 10/02/2021 tại http://asia.ensembl.org/


Fendri, A., Masmoudi, A., Khabir, A., Sellami-Boudawara, T., Daoud, J., Frikha, M., … Mokdad-Gargouri, R. (2015). Inactivation of RASSF1A, RARβ2 and DAP-kinase by promoter methylation correlates with lymph node metastasis in nasopharyngeal carcinoma. Cancer Biology & Therapy, 8(5), 1-8.


Frappier, L. (2012). Role of EBNA1 in NPC tumorigenesis. Seminars in Cancer Biology, 22(2), 154-161.


Genecard. (n.d.). Truy cập ngày 10/02/2021 tại https://www.genecards.org/


Green, M. R., & Sambrook, J. (2019). Nested Polymerase Chain Reaction (PCR). Cold Spring Harbor Protocols, 2019(2), 175-178.


Halpain, S., & Dehmelt, L. (2006). The MAP1 family of microtubule-associated proteins. Genome Biol, 7(6), 1-7.


Integrated DNA Technologies. (n.d.). OligoAnalyzer™ Tool. Truy cập ngày 10/02/2021 tại https://sg.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer


Kwong, J., Lo, K. W., To, K. F., Teo, P. M. L., Johnson, P. J., & Huang, D. P. (2002). Promoter hypermethylation of multiple genes in nasopharyngeal carcinoma. Clinical Cancer Research, 8(1), 131-137.


Liu, X. Q., Chen, H. K., Zhang, X. S., Pan, Z. G., Li, A., Feng, Q. S., … Zeng, Y. X. (2003). Alterations of BLU, a candidate tumor suppressor gene on chromosome 3p32.3, in human nasopharyngeal carcinoma. International Journal of Cancer, 106(1), 60-65.


Lo, K. W., To, K. F., & Huang, D. P. (2004). Focus on nasopharyngeal carcinoma. Cancer Cell, 5(5), 423-428.


Pan, Z. X., Kashuba, V. I., Liu, X. Q., Shao, J. Y., Zhang, R. H., Jiang, J. H., … Zeng, Y. X. (2005). High frequency somatic mutations in RASSF1A in nasopharyngeal carcinoma. Cancer Biology & Therapy, 4(10), 1116-1122.


Qiu, G. H., Tan, L. K. S., Loh, K. S., Lim, C. Y., Srivastava, G., Tsai, S. T., … Tao, Q. (2004). The candidate tumor suppressor gene BLU, located at the commonly deleted region 3p21.3, is an E2F-regulated, stress-responsive gene and inactivated by both epigenetic and genetic mechanisms in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene, 23(27), 4793-4806.


Shivakumar, L., Minna, J., Sakamaki, T., Pestell, R., & White, M. A. (2002). The RASSF1A tumor suppressor blocks cell cycle progression and inhibits cyclin D1 accumulation. Molecular and Cellular Biology, 22(12), 4309-4318.


Tao, Q., & Chan, A. T. (2007). Nasopharyngeal carcinoma: Molecular pathogenesis and therapeutic developments. Expert Reviews in Molecular Medicine, 9(12), 1-24.


Tian, F., Yip, S. P., Kwong, D. L. W., Lin, Z., Yang, Z., & Wu, V. W. C. (2013). Promoter hypermethylation of tumor suppressor genes in serum as potential biomarker for the diagnosis of nasopharyngeal carcinoma. Cancer Epidemiology, 37(5), 708-713.


Urogen. (n.d.). Truy cập ngày 10/02/2021 tại http://www.urogen.org/methprimer


Wang, T., Liu, H., Chen, Y., Liu, W., Yu, J., & Wu, G. (2009). Methylation associated inactivation of RASSF1A and its synergistic effect with activated K-Ras in nasopharyngeal carcinoma. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, 28(160), 1-11.


Wong, T. S., Tang, K. C., Kwong, D. L. W., Sham, J. S. T., Wei, W. I., Kwong, Y. L., & Yuen, A. P. W. (2003). Differential gene methylation in undifferentiated nasopharyngeal carcinoma. International Journal of Oncology, 22(4), 869-874.



DOI: https://doi.org/10.46223/HCMCOUJS.tech.vi.18.1.2023.2023
Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.