Bước đầu xây dựng bộ chỉ thị SSR của DNA dưa leo và nhiệt độ bắt cặp tối ưu của các mồi SSR cho phản ứng PCR

Các tác giả

  • Lương Hiếu Ngân
    Nghiên cứu tự do, Thành phố Hồ Chí Minh, VN
  • Hồ Thị Bích Phượng
    Nghiên cứu tự do, Thành phố Hồ Chí Minh, VN
  • Nguyễn Như Thành
    Công ty TNHH Hạt giống Tân Lộc Phát, VN
  • Hoàng Thị Thuỳ
    Công ty TNHH Hạt giống Tân Lộc Phát, VN
  • Cao Tiến Sang
    Công ty TNHH Hạt giống Tân Lộc Phát, VN
  • Vũ Quốc Trưởng
    Công ty TNHH Hạt giống Tân Lộc Phát, VN
  • Linh Thị Trúc Lê
    Trường Đại Học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, VN
  • Lê Thị Kính
    Trường Đại Học Mở Thành phố Hồ Chí Minh, VN

DOI:

10.46223/HCMCOUJS.tech.vi.16.1.1872.2021

Từ khóa:

chọn giống; chỉ dấu phân tử; dưa leo; SSR

Tóm tắt

Bản đồ liên kết phân tử với mật độ chỉ thị cao cần được xác định trước khi thực hiện chọn giống bằng DNA marker trong đó các chỉ thị này có sự liên kết chặt với các tính trạng quan tâm. SSR (Simple Sequence Repeat - Trình tự lặp lại đơn giản) là một marker phân tử được dùng để xây dựng bản dồ liên kết phân tử và có thể phân biệt được các dạng dị hợp và đồng hợp của gene. Mục tiêu của nghiên cứu là xây dựng bộ chỉ thị SSR có liên kết với các tính trạng quan trọng trong chọn giống dưa leo và xác định được điều kiện tối ưu cho phản ứng PCR khuyếch đại DNA dưa leo từ những SSR này. Thực hiện khai thác in silico để xây dựng bộ dữ liệu SSR. Tối ưu hoá phản ứng PCR bằng chạy gradient nhiệt độ cho các mồi SSR. Chúng tôi đã xác định được 52 SSR có liên kết với các tính trạng quan trọng trong chọn giống dưa leo. Điều kiện nhiệt độ bắt cặp tối ưu 46 SSR trong phản ứng PCR khuếch đại DNA dưa leo đã được xác định. Đây là dữ liệu quan trọng cho bước sàng lọc các cây phân ly trong quá trình chọn giống dưa leo tiếp sau đó.

Tải xuống

Dữ liệu tải xuống chưa có sẵn.

Tài liệu tham khảo

Call, A. D., Criswell, A. D., Wehner, T. C., Klosinska, U., & Kozik, E. U. (2012). Screening cucumber for resistance to downy mildew caused by Pseudoperonospora cubensis (Berk. and Curt.) Rostov. Crop Science, 52 (2), 577-592.

Fazio, G., Staub, J., & Stevens, M. (2003). Genetic mapping and QTL analysis of horticultural traits in cucumber (Cucumis sativus L.) using recombinant inbred lines. Theoretical and Applied Genetics, 107 (5), 864-874.

Huang, S., Li, R., Zhang, Z., Li, L., Gu, X., Fan, W., . . . Li, S. (2009). The genome of the cucumber, Cucumis sativus L. Nature Genetics, 41 (12), 1275-1281.

Jat, G. S., Munshi, A. D., Behera, T. K., Choudhary, H., Dash, P., Ravindran, A., & Kumari, S. (2019). Genetics and molecular mapping of gynoecious (F) locus in cucumber (Cucumis sativus L.). The Journal of Horticultural Science and Biotechnology, 94 (1), 24-32.

Miao, H., Zhang, S., Wang, X., Zhang, Z., Li, M., Mu, S., . . . Gu, X. (2011). A linkage map of cultivated cucumber (Cucumis sativus L.) with 248 microsatellite marker loci and seven genes for horticulturally important traits. Euphytica, 182 (2), 167-176.

Tải xuống

Ngày nộp: 06-05-2021
Ngày duyệt đăng: 25-05-2021
Ngày xuất bản: 21-07-2021

Thống kê truy cập

Trang tóm tắt: 589
PDF: 735

Cách trích dẫn

Ngân, L. H., Phượng, H. T. . B., Thành, N. N., Thuỳ, H. T., Sang, C. T., Trưởng, V. Q., … Kính, L. T. (2021). Bước đầu xây dựng bộ chỉ thị SSR của DNA dưa leo và nhiệt độ bắt cặp tối ưu của các mồi SSR cho phản ứng PCR. TẠP CHÍ KHOA HỌC ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - KỸ THUẬT VÀ CÔNG NGHỆ, 16(1), 112–125. https://doi.org/10.46223/HCMCOUJS.tech.vi.16.1.1872.2021