--

16 (1) 2021

Bước đầu xây dựng bộ chỉ thị SSR của DNA dưa leo và nhiệt độ bắt cặp tối ưu của các mồi SSR cho phản ứng PCR


Tác giả - Nơi làm việc:
Lương Hiếu Ngân - Nghiên cứu tự do, Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Hồ Thị Bích Phượng - Nghiên cứu tự do, Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Nguyễn Như Thành - Công ty TNHH Hạt giống Tân Lộc Phát , Việt Nam
Hoàng Thị Thuỳ - Công ty TNHH Hạt giống Tân Lộc Phát , Việt Nam
Cao Tiến Sang - Công ty TNHH Hạt giống Tân Lộc Phát , Việt Nam
Vũ Quốc Trưởng - Công ty TNHH Hạt giống Tân Lộc Phát , Việt Nam
Linh Thị Trúc Lê - Trường Đại Học Mở Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Lê Thị Kính - Trường Đại Học Mở Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Tác giả liên hệ, Email: Linh Thị Trúc Lê - linh.ltt@ou.edu.vn
Ngày nộp: 06-05-2021
Ngày duyệt đăng: 25-05-2021
Ngày xuất bản: 21-07-2021

Tóm tắt
Bản đồ liên kết phân tử với mật độ chỉ thị cao cần được xác định trước khi thực hiện chọn giống bằng DNA marker trong đó các chỉ thị này có sự liên kết chặt với các tính trạng quan tâm. SSR (Simple Sequence Repeat - Trình tự lặp lại đơn giản) là một marker phân tử được dùng để xây dựng bản dồ liên kết phân tử và có thể phân biệt được các dạng dị hợp và đồng hợp của gene. Mục tiêu của nghiên cứu là xây dựng bộ chỉ thị SSR có liên kết với các tính trạng quan trọng trong chọn giống dưa leo và xác định được điều kiện tối ưu cho phản ứng PCR khuyếch đại DNA dưa leo từ những SSR này. Thực hiện khai thác in silico để xây dựng bộ dữ liệu SSR. Tối ưu hoá phản ứng PCR bằng chạy gradient nhiệt độ cho các mồi SSR. Chúng tôi đã xác định được 52 SSR có liên kết với các tính trạng quan trọng trong chọn giống dưa leo. Điều kiện nhiệt độ bắt cặp tối ưu 46 SSR trong phản ứng PCR khuếch đại DNA dưa leo đã được xác định. Đây là dữ liệu quan trọng cho bước sàng lọc các cây phân ly trong quá trình chọn giống dưa leo tiếp sau đó.

Từ khóa
chọn giống; chỉ dấu phân tử; dưa leo; SSR

Toàn văn:
PDF

Trích dẫn:

Luong, H. N., Ho, T. B. P., Nguyen, N. T., Hoang, T. T., Cao, T. S., Vu, Q. T., Le, T. T. L., & Le, T. K. (2021). Bước đầu xây dựng bộ chỉ thị SSR của DNA dưa leo và nhiệt độ bắt cặp tối ưu của các mồi SSR cho phản ứng PCR [Initial SSR data set for cucumber breeding and optimal annealing temperatures of SSR primers in PCR reactions]. Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh – Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 108-120. doi:10.46223/HCMCOUJS. tech.vi.16.1.1872.2021


Tài liệu tham khảo

Call, A. D., Criswell, A. D., Wehner, T. C., Klosinska, U., & Kozik, E. U. (2012). Screening cucumber for resistance to downy mildew caused by Pseudoperonospora cubensis (Berk. and Curt.) Rostov. Crop Science, 52 (2), 577-592.


Fazio, G., Staub, J., & Stevens, M. (2003). Genetic mapping and QTL analysis of horticultural traits in cucumber (Cucumis sativus L.) using recombinant inbred lines. Theoretical and Applied Genetics, 107 (5), 864-874.


Huang, S., Li, R., Zhang, Z., Li, L., Gu, X., Fan, W., . . . Li, S. (2009). The genome of the cucumber, Cucumis sativus L. Nature Genetics, 41 (12), 1275-1281.


Jat, G. S., Munshi, A. D., Behera, T. K., Choudhary, H., Dash, P., Ravindran, A., & Kumari, S. (2019). Genetics and molecular mapping of gynoecious (F) locus in cucumber (Cucumis sativus L.). The Journal of Horticultural Science and Biotechnology, 94 (1), 24-32.


Miao, H., Zhang, S., Wang, X., Zhang, Z., Li, M., Mu, S., . . . Gu, X. (2011). A linkage map of cultivated cucumber (Cucumis sativus L.) with 248 microsatellite marker loci and seven genes for horticulturally important traits. Euphytica, 182 (2), 167-176.


Naegele, R. P., Quesada-Ocampo, L. M., Kurjan, J. D., Saude, C., & Hausbeck, M. K. (2016). Regional and temporal population structure of pseudoperonospora cubensis in Michigan and Ontario. Phytopathology, 106 (4), 372-379.


Nie, J., He, H., Peng, J., Yang, X., Bie, B., Zhao, J., . . . Cai, R. (2015). Identification and fine mapping of pm5.1: A recessive gene for powdery mildew resistance in cucumber (Cucumis sativus L.). Molecular Breeding, 35 (1), 1-13.


Pandey, S., Ansari, W. A., Mishra, V. K., Singh, A. K., & Singh, M. (2013). Genetic diversity in Indian cucumber based on microsatellite and morphological markers. Biochemical Systematics and Ecology, 51, 19-27.


Ponting, C. P., Schultz, J., Milpetz, F., & Bork, P. (1999). SMART: Identification and annotation of domains from signalling and extracellular protein sequences. Nucleic Acids Research, 27 (1), 229-232.


Rahman, A., Anisuzzaman, M., Ahmed, F., Islam, A., & Naderuzzaman, A. (2008). Study of nutritive value and medicinal uses of cultivated cucurbits. Journal of Applied Sciences Research, 4 (5), 555-558.


Ren, Y., Zhang, Z., Liu, J., Staub, J. E., Han, Y., Cheng, Z., . . . Huang, S. (2009). An integrated genetic and cytogenetic map of the cucumber genome. PLoS One, 4 (6), Article e5795. doi:10.1371/journal.pone.0005795


Ribaut, J. M., & Betrán, J. (1999). Single large-scale marker-assisted selection (sls-mas). Molecular Breeding, 5 (6), 531-541.


Shi, L., Yang, Y., Xie, Q., Miao, H., Bo, K., Song, Z., . . . Gu, X. (2018). Inheritance and QTL mapping of cucumber mosaic virus resistance in cucumber (Cucumis Sativus L.). PloS One, 13 (7), Article e0200571.


Szczechura, W., Staniaszek, M., Klosinska, U., & Kozik, E. U. (2015). Molecular analysis of new sources of resistance to Pseudoperonospora cubensis (Berk. et Curt.) Rostovzev in cucumber. Russian Journal of Genetics, 51 (10), 974-979.


Weng, Y., Colle, M., Wang, Y., Yang, L., Rubinstein, M., Sherman, A., . . . Grumet, R. (2015). Qtl mapping in multiple populations and development stages reveals dynamic quantitative trait loci for fruit size in cucumbers of different market classes. Theoretical and Applied Genetics, 128 (9), 1747-1763.


Weng, Y., Johnson, S., Staub, J. E., & Huang, S. (2010). An extended intervarietal microsatellite linkage map of cucumber, Cucumis sativus L. HortScience, 45 (6), 882-886.


Zhang, S., Liu, M., Miao, H., Zhang, S., Yang, Y., Xie, B., . . . Gu, X. (2013). Chromosomal mapping and QTL analysis of resistance to downy mildew in cucumis sativus. Plant Disease, 97 (2), 245-251.


Zhang, T., Li, X., Yang, Y., Guo, X., Feng, Q., Dong, X., & Chen, S. (2019). Genetic analysis and QTL mapping of fruit length and diameter in a cucumber (cucumber sativus L.) Recombinant Inbred Line (RIL) population. Scientia Horticulturae, 250, 214-222.


Zhang, W., He, H., Guan, Y., Du, H., Yuan, L., Li, Z., . . . Cai, R. (2010). Identification and mapping of molecular markers linked to the tuberculate fruit gene in the cucumber (Cucumis sativus L.). Theoretical and Applied Genetics, 120 (3), 645-654.



DOI: https://doi.org/10.46223/HCMCOUJS.tech.vi.16.1.1872.2021
Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.