--

16 (1) 2021

Tối ưu hóa phản ứng realtime PCR nhằm phát hiện Streptococcus agalactiae


Tác giả - Nơi làm việc:
Nguyễn Thị Thanh Thảo - Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh , Việt Nam
Nguyễn Thị Trúc Phương - Công ty cổ phần Công nghệ TBR, TP. Hồ Chí Minh , Việt Nam
Nguyễn Thị Trúc Anh - Công ty cổ phần Trung tâm xét nghiệm chẩn đoán Y Khoa Hanhphuclab , Việt Nam
Lương Thị Mỹ Ngân - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên – ĐHQG TP.HCM , Việt Nam
Tác giả liên hệ, Email: Lương Thị Mỹ Ngân - ltmngan@hcmus.edu.vn
Ngày nộp: 29-04-2021
Ngày duyệt đăng: 25-05-2021
Ngày xuất bản: 07-07-2021

Tóm tắt
Streptococcus agalactiae (GBS) là tác nhân truyền nhiễm hàng đầu gây nhiễm trùng huyết sơ sinh giai đoạn sớm. Tầm soát GBS và tiêm kháng sinh dự phòng ở phụ nữ thai sản có thể giúp ngăn chặn hữu hiệu tỷ lệ nhiễm GBS ở trẻ sơ sinh. Phương pháp truyền thống phát hiện và nuôi cấy GBS trên đĩa thạch máu rất tốn thời gian, công sức và độ nhạy thấp. Nghiên cứu này tiến hành tối ưu hóa phản ứng realtime PCR với cặp mồi và mẫu dò được thiết kế nhằm phát hiện gen đặc hiệu cfb của GBS. Các thí nghiệm tối ưu hóa được thực hiện trên chủng S. agalactiae ATCC 13813. Độ đặc hiệu của quy trình tối ưu được kiểm tra trên DNA của chủng Staphylococcus aureus ATCC 25923, Gardnerella vaginalis và Chlamydia trachomatis. Ngoài ra, quy trình tối ưu được thử nghiệm trên 30 mẫu dịch phết âm đạo-trực tràng của phụ nữ mang thai trong giai đoạn 35-37 tuần. Quy trình tối ưu đặc hiệu với chủng GBS, có độ nhạy 50 bản sao/phản ứng, độ chính xác 99.94%, và hiệu quả khuếch đại EA% = 94.5%. Trong số 30 mẫu thử nghiệm, 10 mẫu được phát hiện là có hiện diện của GBS, trong khi nuôi cấy truyền thống chỉ phát hiện 08 mẫu có GBS.

Từ khóa
cfb; nhiễm trùng sơ sinh; realtime PCR; Streptococcus agalactiae

Toàn văn:
PDF

Trích dẫn:

Nguyen, T. T. T., Nguyen, T. T. P., Nguyen, T. T. A., & Luong, T. M. N. (2021). Tối ưu hóa phản ứng realtime PCR nhằm phát hiện Streptococcus agalactiae [Optimize realtime PCR reaction to detect Streptococcus agalactiae]. Tạp chí Khoa học Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh – Kỹ thuật và Công nghệ, 16(1), 33-44. doi:10.46223/HCMCOUJS. tech.vi.16.1.1867.2021


Tài liệu tham khảo

Carbone, F., Montecucco, F., & Sahebkar, A. (2020). Current and emerging treatments for neonatal sepsis. Expert Opinion on Pharmacotherapy, 21 (5), 549-556.


Carrillo-Ávila, J., Gutiérrez-Fernández, J., González-Espín, A., García-Triviño, E., & Giménez-Lirola, L. (2018). Comparison of qPCR and culture methods for group B Streptococcus colonization detection in pregnant women: Evaluation of a new qPCR assay. BMC Infectious Diseases, 18 (1), 1-8.


Deer, D., Lampel, K., & González‐Escalona, N. (2010). A versatile internal control for use as DNA in real‐time PCR and as RNA in real‐time reverse transcription PCR assays. Letters in Applied Microbiology, 50 (4), 366-372.


Fairlie, T., Zell, E. R., & Schrag, S. (2013). Effectiveness of intrapartum antibiotic prophylaxis for prevention of early-onset group B streptococcal disease. Obstetrics & Gynecology, 121 (3), 570-577.


IDT. (n.d.). Retrieved March 10, 2021, from https://www.idtdna.com/pages/tools/oligoanalyzer


Ke, D., Ménard, C., Picard, F. J., Boissinot, M., Ouellette, M., Roy, P. H., & Bergeron, M. G. (2000). Development of conventional and real-time PCR assays for the rapid detection of group B streptococci. Clinical Chemistry, 46 (3), 324-331.


Kim, F., Polin, R. A., & Hooven, T. A. (2020). Neonatal sepsis. British Medical Journal, 371. doi:10.1136/bmj.m3672


Lin, Y., Ye, J., Luo, M., Hu, B., Wu, D., Wen, J., . . . Ning, Y. (2019). Group B Streptococcus DNA copy numbers measured by digital PCR correlates with perinatal outcomes. Analytical Chemistry, 91 (15), 9466-9471.


Lucignano, B., Ranno, S., Liesenfeld, O., Pizzorno, B., Putignani, L., Bernaschi, P., & Menichella, D. (2011). Multiplex PCR allows rapid and accurate diagnosis of bloodstream infections in newborns and children with suspected sepsis. Journal of Clinical Microbiology, 49 (6), 2252-2258.


Molloy, E. J., Wynn, J. L., Bliss, J., Koenig, J. M., Keij, F. M., McGovern, M., . . . Mazela, J. (2020). Neonatal sepsis: Need for consensus definition, collaboration and core outcomes. London, UK: Nature Publishing Group.


Mousavi, S. M., Hosseini, S. M., Mashouf, R. Y., & Arabestani, M. R. (2016). Identification of group B streptococci using 16S rRNA, cfb, scpB, and atr genes in pregnant women by PCR. Acta Medica Iranica, 54 (12), 765-770.


NCBI. (n.d.). Gene. Retrieved March 10, 2021, from https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi


NCBI. (n.d.). Gene. Retrieved March 10, 2021, from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/


Podbielski, A., Blankenstein, O., & Lütticken, R. (1994). Molecular characterization of the cfb gene encoding group B streptococcal CAMP-factor. Medical Microbiology and Immunology, 183 (5), 239-256.


Primer3. (n.d.). Retrieved March 10, 2021 from https://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/


Rao, G. G., & Khanna, P. (2020). To screen or not to screen women for Group B Streptococcus (Streptococcus agalactiae) to prevent early onset sepsis in newborns: Recent advances in the unresolved debate. Therapeutic Advances in Infectious Disease, 7, Article 2049936120942424.


Schrag, S. J., & Verani, J. R. (2013). Intrapartum antibiotic prophylaxis for the prevention of perinatal group B streptococcal disease: Experience in the United States and implications for a potential group B streptococcal vaccine. Vaccine, 31, D20-D26.


Schrag, S. J., Farley, M. M., Petit, S., Reingold, A., Weston, E. J., Pondo, T., . . . Lynfield, R. (2016). Epidemiology of invasive early-onset neonatal sepsis, 2005 to 2014. Pediatrics, 138 (6), Article e20162013.


Schuchat, A. (1998). Epidemiology of group B streptococcal disease in the United States: Shifting paradigms. Clinical Microbiology Reviews, 11 (3), 497-513.


Shabayek, S., Abdalla, S., & Abouzeid, A. M. (2010). Comparison of scpB gene and cfb gene polymerase chain reaction assays with culture on Islam medium to detect Group B Streptococcus in pregnancy. Indian Journal of Medical Microbiology, 28 (4), 320-325.


Shah, D. K., Doyle, L. W., Anderson, P. J., Bear, M., Daley, A. J., Hunt, R. W., & Inder, T. E. (2008). Adverse neurodevelopment in preterm infants with postnatal sepsis or necrotizing enterocolitis is mediated by white matter abnormalities on magnetic resonance imaging at term. The Journal of Pediatrics, 153 (2), 170-175.


Shang, S., Chen, G., Wu, Y., Du, L., & Zhao, Z. (2005). Rapid diagnosis of bacterial sepsis with PCR amplification and microarray hybridization in 16S rRNA gene. Pediatric Research, 58 (1), 143-148.


Sigma-Aldrich. (n.d.). Retrieved March 10, 2021, from http://www.oligoarchitect.com/ FretSearchServlet


Stoll, B. J., Hansen, N. I., Adams-Chapman, I., Fanaroff, A. A., Hintz, S. R., Vohr, B., . . . Network, H. D. N. R. (2004). Neurodevelopmental and growth impairment among extremely low-birth-weight infants with neonatal infection. Jama, 292 (19), 2357-2365.


Vieira, L. L., Perez, A. V., Machado, M. M., Kayser, M. L., Vettori, D. V., Alegretti, A. P., . . . Valério, E. G. (2019). Group B Streptococcus detection in pregnant women: Comparison of qPCR assay, culture, and the Xpert GBS rapid test. BMC Pregnancy and Childbirth, 19 (1), 1-8.



Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.